1、誘發(fā)病菌蟲害

　　農(nóng)家糞肥中含有大量的病菌害蟲（如根結(jié)線蟲、大腸桿菌等），如果糞肥未經(jīng)徹底發(fā)酵腐熟直接使用，糞肥就會(huì)把病菌、蟲卵、害蟲等直接帶入到田間土壤中，從而誘發(fā)作物發(fā)生更加嚴(yán)重的病蟲害。

　　2、造成作物燒苗或燒根

　　因?yàn)槲唇?jīng)徹底腐熟發(fā)酵的農(nóng)家糞肥使用到土壤中后，在條件適宜的情況下還會(huì)繼續(xù)發(fā)酵腐熟，并且在發(fā)酵腐熟的過程中釋放出大量的熱量，如果農(nóng)家糞肥使用的位置距離作物的苗、根過近，農(nóng)家糞肥發(fā)酵腐熟過程中集中大量釋放的熱量就會(huì)灼傷作物的幼苗或根系，輕則影響作物正常生長(zhǎng)，重則會(huì)導(dǎo)致作物出現(xiàn)根系腐爛或苗株死亡。

　　3、導(dǎo)致作物發(fā)生毒氣中毒現(xiàn)象

　　未經(jīng)徹底發(fā)酵腐熟的農(nóng)家糞肥（特別是生糞），在土壤繼續(xù)腐熟的過程中會(huì)不斷的分解并產(chǎn)生諸多有害氣體，輕則導(dǎo)致作物生長(zhǎng)受抑，重則導(dǎo)致作物燒根、黃葉甚至死棵。

　　4、誘發(fā)作物生長(zhǎng)過程中缺氧

　　施入到土壤中的生糞或者發(fā)酵腐熟不徹底的糞肥，在田地土壤中繼續(xù)發(fā)酵腐熟的過程中會(huì)大量消耗土壤土壤中的氧氣，不僅會(huì)導(dǎo)致土壤中的氧氣含量大量減少，還會(huì)與作物根系爭(zhēng)奪養(yǎng)分和氧氣，嚴(yán)重時(shí)會(huì)使土壤短時(shí)內(nèi)處于缺氧狀態(tài)、使作物短期處于窒息的狀態(tài)，從而對(duì)作物的正常生長(zhǎng)造成十分不利的影響。

　　5、加重土壤的酸化危害

　　一般來說，農(nóng)家糞肥大多為PH值在3.6-4.7之間的強(qiáng)酸性肥料，雖然農(nóng)家糞肥養(yǎng)分全面均衡、肥效穩(wěn)定持久，但使用時(shí)如果不結(jié)合土壤的酸堿性情況而盲目使用到酸性土壤中上，就會(huì)進(jìn)一步加劇土壤的酸化問題，從而對(duì)作物根系的生長(zhǎng)發(fā)育、作物苗株的正常生長(zhǎng)產(chǎn)生巨大危害。

　　6、造成土壤中重金屬、鹽分含量等超標(biāo)

　　現(xiàn)在不少家畜、家禽大多采用集約化的養(yǎng)殖，在禽畜飼養(yǎng)過程中使用的飼料中往往添加有大量各種各樣的添加劑等，而這些飼料添加劑中有大多含有較多重金屬或抗生素，禽畜動(dòng)物食用后排除的糞便中會(huì)含有較多的重金屬；如果未經(jīng)處理，不僅會(huì)導(dǎo)致土壤中重金屬大量積累殘留，而且土壤中重金屬含量越高、作物根系與苗株生長(zhǎng)受抑情況就越嚴(yán)重，除此之外，土壤中重金屬含量超標(biāo)還會(huì)導(dǎo)致作物吸收重金屬過量，進(jìn)而造成農(nóng)產(chǎn)品中重金屬含量超標(biāo)，不僅會(huì)降低農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)，同時(shí)對(duì)食品安全也有重大威脅。

　　此外，大部分農(nóng)家糞肥中含量較多的氯化鈉，而土壤中氯化鈉的含量過高會(huì)抑制作物的生產(chǎn)生長(zhǎng)，如果長(zhǎng)期盲目的過量使用農(nóng)家禽畜糞肥勢(shì)必會(huì)造成土壤作物鹽分含量濃度升高、土壤鹽化程度加劇等問題，更嚴(yán)重時(shí)會(huì)導(dǎo)致土壤中的農(nóng)作物種子播種后不發(fā)芽、移栽定植后的農(nóng)作物幼苗生長(zhǎng)遲緩或不生長(zhǎng)。